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      5hmC或成为2型糖尿病血管并(bìng)发症临床监控的重(chóng)要标志(zhì)物

      source:TIME:2019-10-01 08:00:00分享到:

      2019年10月1日(rì),5-羟甲基化胞嘧啶(5-hydroxymethylcytosine,5hmC)在(zài)糖尿病研(yán)究领域(yù)取得(dé)重要进展。2型糖尿病(T2D)的(de)血(xuè)管并发症(zhèng)是导致2型糖尿病致(zhì)残(cán)致死的(de)重要病因,一直缺乏一种无创(chuàng)便捷的(de)临床途径实现血管并发症(zhèng)的发生(shēng)发展监测,达到(dào)早发现、早干预,以提(tí)高T2D病人(rén)的整体生活质(zhì)量(liàng),减少(shǎo)卫(wèi)生经济(jì)负担。


      该研究入组了62例2型糖尿病病人,采用5hmC-Seal技术对血(xuè)浆cfDNA中表观遗(yí)传标志物5hmC的分布情况进行(háng)检测,分析5hmC标志物与2型(xíng)糖尿病血管并发症发生发展的相(xiàng)关性。结果表明5hmC标志物的变化与T2D合并大血管/微血(xuè)管事(shì)件具(jù)有(yǒu)相关性,主要涉及一些与血管生(shēng)物学(xué)和糖尿(niào)病(包括胰岛素耐受和炎症反应)相关的基因和信号通路(lù)。该(gāi)研究建立的(de)16个基因(yīn)-5hmC标志(zhì)物组合检(jiǎn)测可以准确区(qū)分有并发(fā)症和无并发症的2型糖尿病病人(rén)[实验组:AUC=0.85;95% CI,0.73-0.96],明显优于传(chuán)统临(lín)床变(biàn)量例如白蛋(dàn)白尿(niào)。除此之外(wài),还建立了13个(gè)基(jī)因-5hmC标(biāo)志物组合检测,可以进一步区分T2D合并单一(yī)并发症和多种并(bìng)发(fā)症[实验组:AUC=0.84;95% CI,0.68-0.99],同样明显优于其他传统临床变量。该研究(jiū)得出结论,5hmC标志(zhì)物(wù)反映了T2D病(bìng)人大血管/微血管并发症发生过(guò)程中的表观遗传变化(huà),因(yīn)而5hmC-Seal检测(cè)技术(shù)在监测(cè)糖尿(niào)病血(xuè)管(guǎn)并发症(zhèng)发生和进展方面具(jù)有良好(hǎo)的临床应用(yòng)前(qián)景。


      试验设计



      本研(yán)究共(gòng)纳(nà)入62例2型糖尿病病(bìng)人(rén),包括没有血管并发症的病人12例,有单一血管并发症的病人34例(24例发生大血管事件,10例发(fā)生微血管(guǎn)事件),以及有多种血(xuè)管并发症的病人16例。试验收集62例病人(rén)血浆(jiāng),提(tí)取cfDNA,利用(yòng)5hmC-Seal技术(shù)捕获外周血cfDNA中的5hmC序(xù)列(liè),进行(háng)二(èr)代测(cè)序,通(tōng)过(guò)生物信息学分(fèn)析(xī)找出并发症(zhèng)组与无并发症组之间有显(xiǎn)著(zhe)5hmC修饰差异的基因,单一并发症组和多(duō)种并发(fā)症组之间有显著5hmC修饰差异的基因。随后利用回归模型对差(chà)异基因进一(yī)步筛选、优化,弹性网络进一步筛选,计算(suàn)加权平均分,最(zuì)后得(dé)到一组具有(yǒu)高度灵敏度和(hé)特异性的5hmC生物标记(jì)物,并进一步在实验(yàn)组中验证,分析其灵敏度和(hé)特异性。并将新建立的(de)5hmC标志(zhì)物(wù)基因组(zǔ)合的检(jiǎn)测性能与传统临床(chuáng)变量进行对比分析。最(zuì)后对相关基因进(jìn)行了信(xìn)号通路分析和功能探究。



      研究结果


      5hmC修饰水平与血(xuè)管并发症具(jù)有(yǒu)相关性


      利用逻辑回归模型对62例有并发症(zhèng)和无并(bìng)发症(zhèng)2型糖(táng)尿病病人的5hmC差异水平进(jìn)行(háng)分(fèn)析发现,有并发症2型糖尿病病(bìng)人的622个差异(yì)修(xiū)饰候选基(jī)因(yīn)(包括上(shàng)调(diào)和下调(diào)基(jī)因)的归一化(huà)平均数要明显高于(yú)无并发(fā)症的病(bìng)人(P<0.001),但是单一并发症和多发并发(fā)症病人之间没有显著差异。

      之后将有单一并发症或(huò)多种并发症的50例病人用逻辑(jí)回归模型(xíng)进行了对比,发现(xiàn)多种并发症的病人的153个差异修饰候选基因(包括上调和下(xià)调基因)的归一(yī)化平均(jun1)数(shù)要低于无并发症病人(rén)(P<0.001)。


      5hmC标志物可区分有无(wú)并发症患者


      62例(lì)2型糖尿病(bìng)病人被(bèi)随机分成(chéng)训(xùn)练组(n=31)和测(cè)试组(n=31)。利用弹(dàn)性网络筛选后发现,16基因-5hmC标志物组合检测可以用于(yú)区(qū)分有并发症和无(wú)并发症的2型糖尿(niào)病病人(rén)。


      基于16基因组合模(mó)型 (Detection Model 1) 的加权平(píng)均分分析,发现无并发症(zhèng)病人的分数在训(xùn)练集和测试集中都明显低于有并发症的病人。只考虑加权平均分的话,受(shòu)试者工作特征曲线(ROC)分析表明将cutoff值设置(zhì)成0.5时,在测试组(zǔ)中中的灵敏度为60%,特异性(xìng)为100%。



      5hmC标志物可区分病人(rén)是单一(yī)并发症还是多种并发症(zhèng)


      50例(lì)有并发症(zhèng)的2型糖尿病(bìng)病人被(bèi)随机分(fèn)成训练组(n=25)和测试组(n=25)。利用(yòng)弹性网络筛(shāi)选后(hòu)发现,13基因-5hmC标志物组合可以区分2型糖尿病病人是否发生单一并发症或多种并发症。


      基于13基(jī)因(yīn)组合(hé)模型 (Detection Model 2), 我们计算了单(dān)一并发症和多种并发症的加权平均分,发(fā)现在训练集和测试集中单一并(bìng)发(fā)症和多种(zhǒng)并(bìng)发症病人的分数都有明显差异。值得一提的是,有肾病并发症和无肾病并发症病人的分数也有明显差异。利用加(jiā)权平均分作为(wéi)判断标(biāo)准的受试(shì)者工作特(tè)征曲线(ROC)表明,在测(cè)试组中当将cutoff值设成0.69时,灵敏度为87.5%,特异性为(wéi)68.8%。



      5hmC标志物(wù)与(yǔ)传统(tǒng)临床变量/危险(xiǎn)因子的(de)对(duì)比


      我们评估了不同临床变量/危险因子用(yòng)于监(jiān)测血管(guǎn)并发症的灵敏(mǐn)度和(hé)特异性(见表1)。

      总体来说,结果表明一些临床变量(如尿液白(bái)蛋白、血清(qīng)ALT、AST、肌酐、GGT、脂(zhī)蛋白a)虽然具(jù)有(yǒu)一定的灵(líng)敏度和特异(yì)性,但是整体(tǐ)准确度仍然(rán)差强人意,因此临床需要(yào)更加准(zhǔn)确的方(fāng)法。另外,我们还在训练组中建立5hmC和不同临床变量的多变量组(zǔ)合模型(xíng)进行评估(gū),该模型加权平均分的AUC要明显(xiǎn)大于传(chuán)统临床变量的AUC。若将这些临床变量与加权平(píng)均分进(jìn)行结合,AUC也将进一(yī)步提高。因此,该多变量模型表明加权平均分可作为一个独立(lì)的指标(biāo)用(yòng)于监测2型糖尿病血管并发症。

      信号通路分析和(hé)功能探究


      有并发症(zhèng)和无并发(fā)症病(bìng)人的135个差异候选基因的功能注释(shì)分析表(biǎo)明,这些基(jī)因主要富集在一些经(jīng)典的(de)信号通路。错误(wù)发现率相关(guān)P值位于前10%和(hé)基(jī)因数目≥3的信(xìn)号通路包括由IGF1R, IL-10和FGFR2所介导的信号通路。由IGF1R和(hé)IL-10介导的信号通(tōng)路与胰岛素抵抗及炎症反应相关,在血管生物(wù)学(xué)和糖尿病发生发展过程(chéng)中发挥(huī)重要(yào)作用。

      Reactome相互(hù)作(zuò)用网络的中心(xīn)表(biǎo)明,泛素编(biān)码基因[泛素B (UBB),泛素C (UBC),泛素A-52亚基(jī)核糖体蛋白(bái)融合产物1(UBA52)]是候(hòu)选基因(如SMAD3FOXD2DRAP1MCIDASMLNPIANP和(hé)TBCC)的重要(yào)连接者。在这135个(gè)差异(yì)候选(xuǎn)基(jī)因中, 一些基因 (如(rú)TNFRSF25,P=0.027, HR=6.25; MLNP=0.0021, HR=20.40; CCL3L1P=0.018, HR=0.44)表(biǎo)现出与糖尿病(bìng)病程相关的倾向,表明5hmC和糖尿(niào)病血管并发症之间可能存在时间依赖性的(de)相互(hù)作用(yòng)。基于纵向时间(jiān)队(duì)列的大(dà)样本(běn)研究,将(jiāng)可进一(yī)步明确5hmC变化和糖尿病持(chí)续时间之间的(de)动(dòng)态关联(lián)。关于单一并发症和多种(zhǒng)并发症病人的159个候选标志基(jī)因的(de)功(gōng)能注释研(yán)究发现,存在细(xì)胞-细胞连接(jiē)、胶(jiāo)原蛋(dàn)白形成、新陈代谢、细胞应激应答信号通路的(de)富集,这(zhè)些信号通路(lù)均与细胞基(jī)本(běn)功能(néng)密切相关。


      研究意(yì)义



      血管并发症是(shì)三分之二糖尿(niào)病(bìng)病(bìng)人的死(sǐ)亡原因,若(ruò)能(néng)及早有(yǒu)效控(kòng)制血管并发症(zhèng)的发生,将(jiāng)极(jí)大地(dì)改善糖(táng)尿病(bìng)病人的(de)生存(cún)质量。该研究建立了一(yī)种利用cfDNA进行(háng)2型糖(táng)尿病血管并(bìng)发症监测的无(wú)创便捷方法(fǎ),较目(mù)前临床(chuáng)标志物能更(gèng)准确(què)地监控血管并发症(zhèng)的发生,从而提(tí)示临床及早采(cǎi)取应对措施,有效控制病情进展。



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