2019年10月1日,5-羟甲基化(huà)胞嘧啶(5-hydroxymethylcytosine,5hmC)在糖尿病研究领域取得重要进(jìn)展。2型糖尿(niào)病(T2D)的血管(guǎn)并发症是导致2型糖尿病致残致(zhì)死(sǐ)的重要病因,一直缺乏(fá)一(yī)种无创便捷的临(lín)床途径实现(xiàn)血管并发症的(de)发生(shēng)发展监测,达到早发现、早干预,以提高(gāo)T2D病人的整体生(shēng)活质量(liàng),减(jiǎn)少卫生经济负担。
该研究(jiū)入组了62例2型糖尿病(bìng)病人(rén),采(cǎi)用5hmC-Seal技术对血浆cfDNA中表观(guān)遗(yí)传标志(zhì)物5hmC的分布情(qíng)况(kuàng)进行检测(cè),分析5hmC标志(zhì)物与2型糖尿病血(xuè)管(guǎn)并发症发生发展的相关性。结果表(biǎo)明5hmC标志物的(de)变化与(yǔ)T2D合(hé)并大血(xuè)管/微(wēi)血管事(shì)件具有相(xiàng)关性,主要(yào)涉及一(yī)些(xiē)与血管生(shēng)物学和糖尿病(bìng)(包括胰岛素耐受和炎(yán)症反应)相关(guān)的(de)基因和(hé)信号通路。该(gāi)研究建立(lì)的16个(gè)基因-5hmC标志物组合检测可以(yǐ)准(zhǔn)确区(qū)分有并发症和无并发症(zhèng)的2型糖尿病(bìng)病人[实(shí)验组:AUC=0.85;95% CI,0.73-0.96],明显优于传(chuán)统(tǒng)临(lín)床变量例如(rú)白蛋白尿。除此之外,还建立了(le)13个基因-5hmC标志物组合检测,可以进一步(bù)区分T2D合(hé)并单一并发症和多种并发(fā)症(zhèng)[实(shí)验组:AUC=0.84;95% CI,0.68-0.99],同样(yàng)明显(xiǎn)优于其他传统临床变量。该研究得出结论,5hmC标志物反映了T2D病(bìng)人大血管/微血管并发症发生过程(chéng)中的表(biǎo)观(guān)遗传变化(huà),因而5hmC-Seal检测技术在监测糖尿病血管并发(fā)症发生和进(jìn)展方(fāng)面具(jù)有良好的临床应用前景。
试验设计
本研究共纳(nà)入62例2型(xíng)糖(táng)尿(niào)病病人,包括没有血管并发症的病人12例,有单一血(xuè)管并发症的病人34例(lì)(24例发生大血管事件,10例发生微血管(guǎn)事件),以及有多种血管并发症的病(bìng)人16例(lì)。试验收集62例病人血浆,提(tí)取cfDNA,利(lì)用(yòng)5hmC-Seal技术捕获外周血cfDNA中的5hmC序列,进行二代(dài)测序,通过生物(wù)信息学分析找(zhǎo)出(chū)并(bìng)发症组与无并发(fā)症组之间有显著5hmC修饰差异的基因,单一并发(fā)症组和多种并发症组之(zhī)间(jiān)有显著5hmC修饰(shì)差异的基因。随后利用回归模型对(duì)差异基因(yīn)进(jìn)一步筛选、优化,弹性网络进一步筛选,计算加(jiā)权平均分,最后得到一(yī)组具有(yǒu)高(gāo)度灵敏度和特异(yì)性(xìng)的5hmC生物标记物,并进一步在(zài)实验组中(zhōng)验证,分析其灵敏度和特异性。并(bìng)将新建立的5hmC标志物基(jī)因组(zǔ)合的检(jiǎn)测性能与传统临床变量进行对比分析。最后(hòu)对相关基因进行了信号通(tōng)路分析和功能探(tàn)究。
5hmC修饰水平(píng)与血管(guǎn)并发(fā)症具有相关性
利用(yòng)逻辑回(huí)归模(mó)型对(duì)62例(lì)有并发症和(hé)无并发症2型(xíng)糖尿病病人(rén)的5hmC差异(yì)水平(píng)进行分析发现,有并发症2型糖尿病病(bìng)人的622个(gè)差异修饰候选基(jī)因(包(bāo)括上调和下调基因)的归一化平均数要明显高于(yú)无(wú)并发症(zhèng)的病人(P<0.001),但是单一并(bìng)发症和多发并(bìng)发症病(bìng)人之间没有(yǒu)显著差(chà)异。
之后将有单一(yī)并(bìng)发症或多种(zhǒng)并发症的50例(lì)病(bìng)人(rén)用逻辑回(huí)归模型(xíng)进行了对比,发现多(duō)种(zhǒng)并发症的病人的(de)153个(gè)差(chà)异修饰候选基因(包括上调和下调基因)的归一化平均数要低于无并发症病人(P<0.001)。
5hmC标志物可区分有无并发症患者
62例2型糖尿病病人被随机(jī)分成训练组(n=31)和测试组(n=31)。利(lì)用弹性网络筛选后发现,16基(jī)因-5hmC标志物组合检测可以用于区分有并发症和无并发(fā)症的2型(xíng)糖尿病病人。
基于16基因组(zǔ)合模型 (Detection Model 1) 的(de)加权平均分分析,发现无并发症病(bìng)人的(de)分数在训练集和(hé)测试集中(zhōng)都(dōu)明显低(dī)于(yú)有(yǒu)并发症的病人。只考虑加权平均分的话,受试者工作特(tè)征曲线(xiàn)(ROC)分析表明将(jiāng)cutoff值设置成0.5时,在测试组中中(zhōng)的灵敏度为60%,特异性为(wéi)100%。 5hmC标志物可(kě)区分病人是单一并发症还是多(duō)种并发症 50例有并发症的2型糖尿病病人被随机分成训(xùn)练组(n=25)和测试(shì)组(n=25)。利(lì)用弹性网络筛选后发现,13基因-5hmC标志物(wù)组合可以区分(fèn)2型糖尿病病(bìng)人是否发生(shēng)单(dān)一并(bìng)发症或多种并发症。 基于(yú)13基因组合(hé)模型 (Detection Model 2), 我们计算了(le)单一并发症和多种并发症的加权(quán)平均分,发现在训练集和测试(shì)集中单一并发(fā)症和多种(zhǒng)并发(fā)症病人的(de)分数都有明显差异。值得一(yī)提(tí)的是,有肾病并发症和无肾病并发症病人的分数也有(yǒu)明显(xiǎn)差异(yì)。利用加权(quán)平均分作为(wéi)判断(duàn)标准的受试者工作(zuò)特(tè)征曲线(ROC)表明,在测试组中(zhōng)当将cutoff值设成0.69时,灵敏度为87.5%,特异性(xìng)为68.8%。 5hmC标(biāo)志物与传统(tǒng)临床变量/危险因子的对比 我们评估了(le)不(bú)同临床变量/危险因子用于监测血管并(bìng)发症的(de)灵(líng)敏(mǐn)度和特异(yì)性(见表1)。
总(zǒng)体来说,结(jié)果表明一些临床变量(如尿液(yè)白蛋白(bái)、血清ALT、AST、肌酐(gān)、GGT、脂蛋白a)虽然具(jù)有一定的灵敏度和特异性,但是整体准确(què)度仍然差强人意,因此临床(chuáng)需(xū)要更加准确的方法。另外(wài),我们还在训练组中建立5hmC和不同临床变量(liàng)的多变量组(zǔ)合模型进行(háng)评估(gū),该模型加权平均(jun1)分的AUC要明显大于传统临床变量的AUC。若将这些临床变量与加权(quán)平均(jun1)分进行结合,AUC也将进一步提高。因此,该多变量模型表明加权平均(jun1)分(fèn)可作为一个(gè)独立的指标用于监测(cè)2型糖尿病血管并发症。
信号通路(lù)分(fèn)析和功能探(tàn)究 有并发(fā)症和无并发症(zhèng)病人(rén)的135个(gè)差异候(hòu)选(xuǎn)基因的功能注释分析表明,这(zhè)些基因主要(yào)富(fù)集在一(yī)些经典的信号(hào)通路。错误发现率相关P值位于前10%和基因数目≥3的信(xìn)号通路包(bāo)括由IGF1R, IL-10和FGFR2所介导的信号通(tōng)路(lù)。由IGF1R和IL-10介(jiè)导的信号通路与胰岛素抵抗及炎症(zhèng)反应相关,在(zài)血管生物学和糖尿病(bìng)发(fā)生(shēng)发展过程(chéng)中发挥重要作用。 Reactome相互作用网络的中心表明,泛素编码基因[泛素B (UBB),泛(fàn)素C (UBC),泛素A-52亚(yà)基核糖体蛋白融合产物1(UBA52)]是候选(xuǎn)基因(如SMAD3, FOXD2, DRAP1, MCIDAS, MLN, PIANP和TBCC)的重要连接者。在(zài)这135个差异(yì)候选基因中(zhōng), 一(yī)些基因(yīn) (如(rú)TNFRSF25,P=0.027, HR=6.25; MLN, P=0.0021, HR=20.40; CCL3L1, P=0.018, HR=0.44)表(biǎo)现出(chū)与糖(táng)尿病病程相(xiàng)关的倾向(xiàng),表明5hmC和糖尿(niào)病血管并发症之间可能存在时(shí)间依赖(lài)性的相互作用。基于纵向时间队列的大样(yàng)本研究,将可进一步明确5hmC变化和(hé)糖尿病持续(xù)时间之间的动态(tài)关联(lián)。关于单(dān)一并发症和多种并发症病人的159个候选(xuǎn)标(biāo)志基因的功能注释研究发(fā)现,存在(zài)细胞-细胞连接(jiē)、胶原(yuán)蛋白形成、新陈代谢(xiè)、细胞(bāo)应激应答信号通路(lù)的富集,这些信号通路(lù)均与(yǔ)细(xì)胞基本功(gōng)能密(mì)切相关。 研究意义 血管并发症是三分之二糖尿病(bìng)病人的死亡原因,若能及早有效控制血管并发症(zhèng)的发(fā)生,将极(jí)大地改善(shàn)糖(táng)尿病病(bìng)人的生存(cún)质量。该研究建立了一种(zhǒng)利用cfDNA进行2型糖尿病血管(guǎn)并发症监测的无创(chuàng)便(biàn)捷方法,较目前(qián)临床标志物能更准确地监控(kòng)血(xuè)管并发(fā)症的发生,从而(ér)提示临床及早采取应(yīng)对(duì)措施,有(yǒu)效控(kòng)制病情进展。
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